בג"ץ מתח ביקורת חריפה על התעקשותה של עיריית באר שבע להפוך את המסגד הגדול בעיר העתיקה למוזיאון כללי וקרא להפוך אותו למוזיאון לדת האיסלאם בהתייעצות עם האוכלוסייה המוסלמית בעיר
בג"ץ הוציא פסק דין בעתירה שהגיש ארגון עדאלה בשנת 2002, שבה דרש לאפשר לתושבים המוסלמים של באר שבע ובסביבה להתפלל במסגד הגדול שבעיר העתיקה באר שבע.
בג"ץ דחה את עמדת העירייה, אשר ביקשה להשתמש במסגד כמוזיאון כללי המנותק מזיקתו המוסלמית. אף על פי שהעותרים ביקשו לפתוח את המסגד לתפילת מאמינים, בג"ץ הורה כי יש להפוך את המתחם למוזיאון שישרת את האוכלוסייה המוסלמית באזור. עוד נקבע בפסק הדין, כי זכותם של העותרים לפנות לוועדות התכנון ולדרוש שינוי ייעוד של המבנה ממוזיאון למקום תפילה. אם דרישתם תידחה, יכולים הם לשוב ולפנות לערכאות משפטיות.
בפסק הדין מתח השופט סלים ג'ובראן ביקורת חריפה על עמדת עיריית באר שבע שלפיה פתיחת המסגד לתפילה תוביל לאלימות ולהפרת הסדר הציבורי. "בפרט קשה בעיני עמדתם של המשיבים לפיה דווקא שימוש במבנה המסגד לשם פולחן דתי תביא לפגיעה בסדר הציבורי. האומנם טוענים המשיבים כי מטבעו של הפולחן הדתי כי מביא הוא לריב ומדון? או שמא טוענים הם כי גלום בפולחן הדתי המוסלמי דווקא דבר מה שיש בו כדי להביא לעימות בין אוכלוסיות שאלמלא כן שוררים ביניהן יחסים תקינים?" כתב השופט.
השופט ג'ובראן גם מתח ביקורת חריפה על התעקשותה של העירייה להפוך את המבנה למוזיאון כללי. "בכל הנוגע להחלטת העירייה בעניין זה, הרי שמתעלמת היא מההיסטוריה של מבנה המסגד, מעיצובו ומשמעותו התרבותית והדתית בעבור הציבור המוסלמי. והשאלה היא האם השימוש שייעשה בו, אף אם לצרכים מוזיאוניים, יכול להתעלם מעובדה זו".
השופטת אילה פרוקצ'יה ציינה בפסק הדין כי על עיריית באר שבע להתחשב לא רק בשיקולים ענייניים של תכנון ובנייה וכי עליה להביא בחשבון את מכלול השיקולים הנוגעים לעניין ובהם שיקולים ערכיים, אינטרסים חברתיים וכלכליים והיבטים הקשורים בזכויות אדם. השופטת פרוקצ'יה הוסיפה וציינה כי "אשר לשיקולים ערכיים כאמור, ספק אם העירייה נתנה משקל, ולו מזערי, לציפייתם הלגיטימית של בני העדה המוסלמית לחזור ולחדש את זיקתם הדתית למבנה המסגד".
השופטת פרוקצ'יה כינתה את ההחלטה להפוך את המסגד למוזיאון למוסלמים במקום למוזיאון כללי "מועט" הנכלל בגדרו של "המרובה" שנתבקש בעתירה. היא הוסיפה כי צעד זה "יש בו כדי להגשים את מטרות העתירה, ולו באופן חלקי, בדרך של השבת זיקתה של העדה המוסלמית למסגד הגדול, כאתר הקשור לערכי התרבות וההיסטוריה של קהילה זו".
בדעת המיעוט ציינה השופטת נאור כי החלטת הרוב הינה מוטעית וכי עמיתיה נתנו סעד שכלל לא התבקש על ידי העותרים ולא ניתנה הזדמנות למשיבים להתייחס אליו בתשובתם. כמו כן קבעה כי עמדת המשיבים הינה סבירה ומידתית וכי הפיכת המסגד למוזיאון כללי לכלל הדתות והעדות עשויה לחזק את הרב תרבותיות והדו קיום ולא להיפך.
בתגובה לפסק הדין ציין עו"ד עאדל בדיר כי בית המשפט יכול היה ללכת צעד נוסף קדימה ולהורות לעיריית באר שבע לפתוח את המסגד בפני מתפללים מוסלמים תושבי העיר ועשרות אלפי תושבי הסביבה שמקבלים שירות בעיר מדי יום. עם זאת, החלטת בג"ץ מונעת הידרדרות נוספת במצבו של המסגד וביחסים בין התושבים הערבים בעיר לבין הרשויות. עו"ד בדיר הוסיף, "בכוונתנו להמשיך לפעול במישור התכנוני ולדרוש לשנות את ייעודו של המבנה ממוזיאון למסגד הפתוח לתפילה".
את העתירה הגיש עדאלה בשמו ובשמם של האגודה לסיוע ולהגנה על זכויות הבדוים בישראל, הוועד המוסלמי בנגב ועשרים ושלושה תושבים ערבים מהעיר באר שבע והסביבה.
"המסגד הגדול" של באר שבע נבנה ב- 1906 ועד שנת 1948 שימש כמסגד של תושבי העיר וסביבתה. משנת 1948 ועד שנת 1953, שימש המסגד כבית מעצר ואגף מבנייני המשפט.
משנת 1953 ועד 1991 שימש מבנה המסגד כמוזיאון הנגב. משנת 1991 ועד שנת 2002, מועד הגשת העתירה, ניצב "המסגד הגדול" שומם, ריק, מוזנח, נטוש וללא כל שימוש. מאז שנות השבעים ועד היום מתקיים מאבק אינטנסיבי לפתיחת המסגד לתפילה. העירייה לא רק סירבה להיענות לדרישה זאת, אלא אף הודיעה על כוונתה לשפץ את המסגד ולהפוך אותו למוזיאון כללי. האוכלוסייה המוסלמית – תושבי העיר באר שבע והיישובים הבדווים הסמוכים לה, מנועה מלהתפלל בו למרות הבקשות הרבות לעשות כן.