בית המשפט אישר את עסקת הטיעון בעניינו של ד"ר עומר סעיד והטיל עליו שבעה חודשי מאסר בפועל
בית משפט השלום בנצרת אישר ביום חמישי, 8 ביולי 2010, את עסקת הטיעון שסוכמה בין סניגוריו של ד"ר עומר סעיד, עו"ד חוסין אבו חוסין ועורכי הדין חסן ג'בארין וארנה כהן מעדאלה, לבין פרקליטות המדינה. לפי העסקה ייגזרו על ד"ר סעיד שבעה חודשי מאסר בפועל, בניכוי תקופת מעצרו. בעסקת הטיעון הומרו סעיפי האישום נגדו ממגע עם סוכן זר ומסירת מידע לתועלת האויב, למתן שירות להתארגנות בלתי מותרת ובלתי חוקית.
ממרכז עדאלה נמסר, כי "במצב הפוליטי הנוכחי ועקב האישומים החמורים שבהם הואשם ד"ר סעיד, עסקת הטיעון היא הטובה ביותר שאפשר להשיג בתיק זה". עוד נמסר מעדאלה: "מחיקת סעיפי האישום החמורים מכתב האישום מוכיחה כי לא היה צריך להגיש כתב אישום בתיק זה מלכתחילה וכי הפרקליטות נוהגת לנפח אישומים כדי להצדיק את הצעדים הדרקוניים שהיא נוקטת כלפי הנאשמים, כמו איסור מפגש עם עורך דין והוצאת צווי איסור פרסום בעניינם".
פרקליטות המדינה הגישה ביום חמישי, 27 במאי 2010, כתבי אישום נגד ד"ר עומר סעיד ומר אמיר מח'ול, הנאשם באותה פרשה. כתב האישום נגד ד"ר סעיד, שהוגש בבית המשפט המחוזי בנצרת, ייחס לו ביצוע עבירות של מגע עם סוכן חוץ ומסירת ידיעה לאויב, דהיינו, לארגון חיזבאללה. כתב האישום נגד מר מח'ול הוגש בבית המשפט המחוזי בחיפה וייחס לו ביצוע עבירות של מגע עם סוכן חוץ, ריגול, ריגול חמור, קשירת קשר לסיוע לאויב וסיוע לאויב בזמן מלחמה. אמיר מח'ול וד"ר עומר סעיד הצהירו כי הם מכחישים מכל וכל את האישומים המיוחסים להם בכתבי האישום.
ד"ר סעיד נעצר ב-24 באפריל 2010 ומר מח'ול נעצר ב-6 במאי 2010. מעצרם של מר מח'ול וד"ר סעיד וחקירתם לוו בהפרות חמורות של זכויות אדם, בהטלת צו איסור פרסום גורף על פרטי הפרשה ובמניעת האפשרות לפרסם את הפעולות הבלתי חוקיות שנעשו במהלך המעצר. ד"ר סעיד מסר לגורמי החקירה הודעה ברורה וחד משמעית, שלפיה הוא מעולם לא פעל מטעם חיזבאללה וכל פעילותו הפוליטית היא גלויה ובמסגרת החוק. ד"ר סעיד נפגש עם סניגוריו לראשונה ב-10 במאי 2010, לאחר 16 ימים ממעצרו. עד לאותה פגישה נמנע ממנו מפגש עם עורך דין והוא היה נתון לחקירות ממושכות וזכה לשעות שינה מעטות ביותר.