בית המשפט העליון ביטל סעיף בחוק סדר הדין הפלילי, המאפשר קיום דיונים בהארכת מעצר של חשוד בעבירת ביטחון שלא בפניו
בהרכב מורחב של תשעה שופטים ביטל בית המשפט העליון את סעיף 5 לחוק סדר הדין הפלילי (עצור החשוד בעבירות ביטחון) (הוראת שעה), התשס"ו-2006, שקבע כי אפשר לקיים דיונים בהארכת מעצרו של חשוד שלא בפניו.
פסק הדין, שניתן ב-11 בפברואר 2010, נוגע לערר שהגישה הסניגוריה הציבורית בשנת 2007, בשמו של עצור, בעקבות החלטה של ערכאות קודמות להאריך את מעצרו שלא בנוכחותו. התיק נקבע לדיון לפני הרכב של שלושה שופטים באמצע שנת 2008. עוד לפני שהגיע מועד הדיון הגישו ארגוני זכויות האדם עדאלה, האגודה לזכויות האזרח והוועד הציבורי נגד עינויים בישראל עתירה לביטול החוק בכללותו, בשל היותו בלתי-חוקתי (בג"ץ 2028/08, הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל נ' שר המשפטים).
בג"ץ החליט לאחד את הדיון בשני התיקים, וקבע שהדיון יתקיים לפני הרכב מורחב. בדיון בעתירה במרס 2009 החליט ההרכב, בדעת רוב, לעיין במעמד צד אחד בחומר חסוי שביקשה המדינה להציג. העותרים על מחיקת העתירה, במחאה על הליך חסר תקדים ופסול, שנועד להכריע בדבר חוקתיותו של החוק על בסיס חומר חסוי. העתירה נמחקה אפוא ועל כנו נותר הערר שהגישה הסניגוריה הציבורית.
בית המשפט קבע כי הוראת סעיף 5 לחוק אינה יכולה לעמוד, מפני שהיא נוגדת את עקרונות היסוד החוקתיים הקבועים בחוק יסוד: כבוד האדם וחירותו. השופטים כתבו בהחלטתם, כי סעיף 5 להוראת השעה אינו מקיים את מבחן המידתיות.
הערר שהגישה הסניגוריה הציבורית התייחס אך ורק לאי חוקתיותו של סעיף 5 לחוק. ארגוני זכויות האדם ביקשו לבטל הוראות חוק נוספות, שמאפשרות להחזיק חשוד בעבירות ביטחון במעצר עד 96 שעות בלי להביא אותו לפני שופט (סעיף 3 לחוק), להאריך את מעצרו עד ל-20 יום בצו אחד (סעיף 4(1) לחוק) ולהחזיק חשוד במעצר עד 35 ימים בסך הכל טרם הגשת כתב אישום (סעיף 4(2) לחוק). כל ההוראות האלה פוגעות קשות בזכויות היסוד של החשודים. הוראות חוק אלו מופעלות בדרך כלל יחד עם הוראת סעיף 35 לחוק המעצרים, המאפשרת מניעת מפגש של חשוד בעבירות ביטחון עם עורך דין לתקופה של 21 ימים. יישומן של הוראות החוק ומניעת המפגש עם עורך דין פירושן החזקתו של החשוד בבידוד, בידי רשויות החקירה, לתקופה של 21 יום. מצב זה עלול להעמידו בסכנה של עינויים או יחס בלתי אנושי. חוקתיותן של הוראות אלו לא נדונה, מפני שהעתירה נמחקה.
בתגובה להחלטת בית המשפט העליון מסר מרכז עדאלה כי ביטול סעיף 5 אינו מכשיר את יתר הוראות החוק, אשר חוקתיותן מוטלת בספק. הרציונל שעומד בבסיס ביטול סעיף 5 לחוק יפה גם לעניינן של יתר הוראות החוק, ועל כן דינן להתבטל.