בדיון בבג"ץ שהתקיים ב-20 בספטמבר 2006 הורה בית המשפט למשרד הפנים, משרד האוצר ומשרד ראש הממשלה למסור לו עד סוף שנת 2006 עדכון בדבר סעיפי התקציב לשנת 2007 הנוגעים למענקי האיזון. בעתירה, שהוגשה על ידי עדאלה עוד ב-2001, בשם ועד ראשי הרשויות הערביות ועיריית נצרת, הועלתה הדרישה לקבוע קריטריונים ברורים, אחידים, גלויים ושוויוניים לחלוקת תקציב מענקי האיזון של הרשויות המקומיות בישראל.
בראש הרכב השופטים שדן בעתירה עמדה נשיאת בית המשפט העליון, השופטת דורית בייניש, והוא כלל את השופטת עדנה ארבל והשופט דויד חשין. בדיון נכחו יו"ר ועד ראשי הרשויות הערביות בישראל, מר שאוקי ח'טיב, ראש עיריית נצרת, מר ראמז ג'ראייסי, ואישים ערבים אחרים, אשר ציינו כי הממשלה הפרה הסכם עמם, שלפיו חלוקת מענקי האיזון תתבסס על עקרון השוויון.
התכלית העומדת מאחורי חלוקת מענקי האיזון לרשויות המקומיות הינה הקטנת הגירעון התקציבי שנוצר כתוצאה מגידול בהוצאות לעומת ההכנסות של אותן רשויות, במטרה לאפשר מתן רמת שירותים מינימלית וסבירה לתושבי הרשות המקומית. ואולם, בהשוואה שנערכה בין רשויות מקומיות בגודל דומה וברמה סוציו-אקונומית זהה, נמצא כי רשויות יהודיות בדרום הארץ קיבלו לכל תושב 35% יותר מרשויות ערביות ב-2002, ו-59% יותר ב-2003 (ראו: נייר עבודה "אי איזון במענקי איזון: פן מקומי של סדר יום לאומי", מאת: דן בן דוד ויובל ארז).
בדיון בעתירה שהתקיים ביוני 2003 הגישה המדינה הודעה שבה נטען, כי בהצעת התקציב של 2004 יהיה סעיף תקציבי לכלל הרשויות המקומיות במדינה. על סמך הודעה זו החליט בית המשפט כי יש לדחות את המשך הדיונים בעתירה כדי לאפשר לצדדים להגיע להסכם בדבר הקריטריונים להקצאת מענקי האיזון בהתאם להודעת המדינה.
בינואר 2004 הגישה פרקליטות המדינה הודעה ובה פירטה נוסחה חדשה לחישוב מענקי איזון. הנוסחה כללה מרכיבים שמטבעם נותנים עדיפות ליישובים יהודיים, דוגמת קליטת עלייה, סיווג אזורי עדיפות לאומית, סיווג יישובים לקווי עימות וכו'. בנוסחה לא ניתן משקל למצב הסוציו-אקונומי של הרשויות המקומיות. בתגובה טען ארגון עדאלה, כי רוב מרכיביה של הנוסחה המוצעת הינם מפלים בתוצאתם על רקע שייכות לאומית, וכי הנוסחה מגדילה למעשה את הפערים הקיימים ממילא בין הרשויות המקומיות הערביות לבין הרשויות המקומיות היהודיות בישראל הנמצאות באותה קבוצת שוויון. עוד נטען, כי המדינה בחרה בקריטריונים אשר נותנים משקל ניכר לשונות הטבעית בין היישובים הערביים ליישובים היהודיים בישראל וכי הנוסחה המוצעת מפלה יותר מהנוסחה הקיימת שאליה התייחסה העתירה.
העותרים התייחסו בתגובתם למרכיבי הנוסחה וניסו להוכיח כי רוב מרכיביה של הנוסחה הינם מפלים. למשל, לפי הנוסחה כל רשות מקומית המסווגת כאזור עדיפות לאומית א' תקבל הוספה של 4% למענק האיזון, במקום שהיישובים הערביים הוצאו ממפת אזורי העדיפות הלאומית. יישובים יהודיים שסווגו יישובים הנמצאים ב"קווי עימות" (התנחלויות בשטחים הכבושים ויישובים בגליל העליון) מקבלים הוספה של 4% במענק האיזון. רשימת היישובים האלה כוללת שלושה יישובים ערבים בלבד. בנוסף, כל היישובים היהודיים מקבלית תוספת של 10% יותר מהיישובים הערביים, מכיוון שהם מעניקים שירותים דתיים לפי חוק המועצות הדתיות. יישובים קולטי עלייה מקבלים 10% תוספת, מקום שהעולים החדשים מקבלים מענקים אינדיבידואליים. במקביל, וכמוזכר לעיל, לא נותנת הנוסחה משקל למצב הסוציו-אקונומי של היישוב, שכן הקריטריונים קובעים תוספת של 0% עד 4% ליישובים במצב סוציו-אקונומי קשה.
ארגון עדאלה הוסיף וטען, כי קריטריונים אלה נוגדים את המטרה העומדת מאחורי מענקי האיזון, ועל כן יש לתת משקל רב לקריטריון המצב הסוציו–אקונומי של היישוב.
בג"צ 6223/01, ועד ראשי הרשויות הערבים ואח' נגד שר הפנים ואח'