מרכז עדאלה עוקב אחר יישום המלצות ועדת אור, ובמיוחד אחר פעולות הנוגעות לחקירת אנשי כוחות הביטחון האחראים להרג אזרחים ערבים באוקטובר 2000 והעמדתם לדין. החל מאוקטובר 2000 פנה עדאלה פעמים רבות ליועץ המשפטי לממשלה ולמחלקה לחקירת שוטרים במשרד המשפטים (מח"ש), בדרישה לפתוח בחקירה נגד האחראים להרג האזרחים הערבים. מח"ש לא פתחה בחקירה רצינית בנוגע אף לאחד ממקרי ההרג. (המכתב לאליקים רובינשטיין מ-18.10.2000, תגובת רובינשטיין מ-2.11.2000, המכתב למח"ש מ-1.11.2000, תגובת מח"ש מ-23.11.2000, המכתב לרובינשטיין מ-5.11.2000, תגובתו מ-13.11.2000, המכתב לערן שנדר מ-28.11.2000). בדו"ח ועדת השרים צוין, כי לפי דו"ח שהגישה מח"ש לוועדה זו, המחלקה לחקירת שוטרים לא פתחה בחקירה אחרי אוקטובר 2000, בשל הקמת ועדת החקירה הממלכתית. אחרי פרסום דו"ח ועדת אור טענה מח"ש, בדו"ח שהגישה לוועדת השרים, כי הזמן הרב שחלף מאז אירועי אוקטובר מקשה עליה לנהל את החקירות. גם לאחר פרסום דו"ח ועדת אור פנה ארגון עדאלה פניות חוזרות ונשנות למח"ש בדרישה לחקור את האחראים ולהעמידם לדין. בתגובת מח"ש לאין-ספור הפניות שהגיעו אליה בנוגע לחקירה נכתב, כי העניין עדיין בבדיקה.

במארס 2004 פנה ארגון עדאלה במכתב מפורט ליועץ המשפטי לממשלה, (המכתב ליועץ המשפטי לממשלה מ-30.3.2004), שבו דרש מהיועץ להורות לאלתר על פתיחת חקירות נגד האחראים להרג האזרחים הערבים באוקטובר 2000. במכתב הצביע עדאלה על מחדלה הרציני של מח"ש באי קיום חקירות, הן סמוך לאירועי אוקטובר והן לאחר פרסום דו"ח ועדת אור, שהמליצה על חקירת נסיבות הריגתם של אזרחים ערבים באוקטובר 2000. עדאלה הדגיש כי בדו"ח ועדת אור צויין, כי האחראים להרג לא היו רק השוטרים שירו אלא גם גורמי הפיקוד. באפריל 2004 השיב היועץ המשפטי לממשלה על מכתב עדאלה שב על טענת מח"ש לפיה אי ההחלטה בדבר המלצות ועדת אור נבעה מהכמות העצומה של החומר ומהזמן הרב שחלף מאז הארועים. היועץ המשפטי לממשלה ציין, כי מח"ש החליטה לפתוח בחקירה של אחד ממקרי ההרג וטרם הוחלט באשר לשאר המקרים. באוקטובר 2004 כתב עדאלה לראש המחלקה לחקירת שוטרים, הרצל שבירו, בעקבות התבטאויות בתקשורת שבהן האשים את משפחות הרוגי אוקטובר ואת עדאלה בעיכוב החקירה (המכתב לשבירו מ-3.10.2004). עדאלה הבהיר, כי המשפחות והארגון ישמחו להגיש כל עזרה למח"ש, כדי למצות את החקירה באופן ראוי והוגן.

במארס 2005, שנתיים וחצי לאחר פרסום מסקנות ועדת אור, שב עדאלה ותבע חקירה ראויה של אירועי אוקטובר 2000. במכתב לשבירו (המכתב לשבירו מ-16.3.2005) הדגיש עדאלה, כי בזמן הרב שחלף מאז פרסום המסקנות, איש מהאחראים להרג לא הועמד לדין. הארגון ציטט דברים שאמר השופט תיאודור אור כשמלאה שנה לפרסום הדו"ח: "נוכח התוצאות הקשות של האירועים שנדרשה בהם חקירת מח"ש, נוכח העובדה שהעדויות שגבו חוקרים מטעם הוועדה והוועדה עצמה היו גלויות כל העת בפני הכל, כולל בפני חוקרי מח"ש, וזאת כבר במהלך עבודת הוועדה, ונוכח העובדה שחלפה כבר שנה מאז ניתנו ההמלצות בדו"ח הוועדה, מצער הדבר שלא נעשה עד כה יותר במסגרת חקירת מח"ש". תביעה למסור למשפחות ההרוגים עדכון על מצב החקירה היתה גם מוקד המכתב שנשלח לגיל שפירא, סגן מנהל מח"ש, כחודש לאחר מכן (המכתב לשפירא מ-12.4.2005).

עדאלה פנה אל ראש מח"ש במאי 2005 (המכתב לשבירו מ-31.5.2005) וביקש לדעת מה עלה בגורל המלצתה של ועדת אור לחקור אירועי הרג מאוקטובר 2000, שבהם היתה מעורבות ישירה של השוטרים הבכירים אז, אליק רון, מפקד המחוז הצפוני בעת הפגנות המחאה בתחילת אוקטובר 2000, משה ולדמן, מפקד מרחב העמקים באותה עת, בנצי סאו, מפקד מג"ב צפון בזמנו, ורב פקד גיא רייף.

עדאלה עסק גם בדרישתה חסרת התקדים של מח"ש להוציא את גופותיהם של ארבעה מההרוגים מקברן, כדי לאפשר לבצע בהן נתיחה. ביוני 2004 כתב עדאלה לראש מח"ש (המכתב לשבירו מ-6.6.2004) בתגובה לפנייתו למר חסן עאסלה בבקשה להוציא את גופת בנו אסיל מהקבר לצורך נתיחת הגופה. עדאלה הדגיש את העובדה הבסיסית, כי עד לתאריך כתיבת המכתב ואף שחלפו כשלוש שנים וחצי מאז אוקטובר 2000 ותשעה חודשים מפרסום דו"ח ועדת אור, ולמרות פניותיו הרבות של עדאלה בעניין מאז אוקטובר 2000, טרם נפתחו חקירות רציניות נגד האחראים. בפנייה צוין כי בקשת מח"ש מהמשפחות השכולות לוקה בחוסר הגינות, משום שסוגיית נתיחת הגופות הועלתה עוד בדיוני ועדת אור, וכי במכתב ששלח עדאלה לוועדת החקירה הממלכתית הובהרה עמדת הורי הרוגי אוקטובר בעניין זה. נטען גם כי בקשת מח"ש נגועה בחוסר הגינות, מכיוון שבידיה נמצאים דו"חות נתיחה שבוצעו בגופות ארבעה מהרוגי אוקטובר עוד מאותה תקופה, ואף על פי כן המחלקה לא פתחה בחקירה בעניין נסיבות הריגתם.

במאי 2005 שב עדאלה והביע התנגדות, להוצאת גופתו של אסיל עאסלה מקברה, הפעם בתשובה לבית המשפט בעקבות בקשה שהגישה מח"ש לבית המשפט (תשובת עדאלה מ-4.5.2005). עדאלה הבהיר בתשובתו כי משפחת המנוח אינה מסכימה להוצאת גופתו מהקבר, יותר מארבע שנים לאחר שנהרג. בתשובה נאמר כי בנוסף לכאב העצום שצעד זה יגרום למשפחה, קשה להניח שהוא יוביל לחקר האמת, מה גם שבבקשת מח"ש עצמה הובהר כי ייתכן שגם הוצאת הגופה לא תאפשר להגיע למיצוי האמת. מח"ש חזרה בה מבקשתה בעקבות תגובת עדאלה.

סירובה של מח"ש למסור למשפחות ההרוגים מידע על התקדמות החקירה עלה גם בפגישה של נציגי עדאלה, ועדת המעקב ומשפחות ההרוגים עם שרת המשפטים, ציפי לבני, באוגוסט השנה. בפגישה הוגש ללבני מסמך המפרט את מחדליה של מח"ש בחקירת אירועי אוקטובר 2000 (המכתב ללבני מ-21.8.2005) והושם דגש על הזמן הרב שחלף מאז האירועים, על אי מיצוי החקירה נגד השוטרים החשודים בהרג אזרחים ועל חוסר הכבוד שבו נוהגת מח"ש במשפחות ההרוגים, בדרישתה להוציא את גופותיהם מקברן, וזאת בניגוד לפסיקת בג"ץ לפיה יש למצות דרכי חקירה אחרות בטרם הוצאת גופה, לא כל שכן כאשר מדובר בבקשה המוגשת שנים לאחר ההרג. באותה פגישה שונתה עמדת מח"ש והיא הסכימה להעביר למשפחות ההרוגים מידע על התקדמות החקירה. למרות השינוי בעמדתה, מח"ש לא העבירה למשפחות מידע מספק.

בתחילת ספטמבר פנה עדאלה לראש מח"ש, כדי להסביר את התנגדותן של משפחות שלושה מההרוגים לדרישת מח"ש להוציא את הגופות מקברן לצורך נתיחה (המכתב לשבירו מ-1.9.2005). עדאלה הדגיש את חוסר ההיענות של מח"ש לבקשות לקבל מידע על התקדמות החקירה לפני בקשתה להוציא את הגופות מקברן. הארגון ציין, כי בידי מח"ש היו תוצאות נתיחה של ארבעה מההרוגים, שבוצעה סמוך לאחר ההרג, אך לא נעשה בהן שימוש לקידום החקירה. הוא הדגיש, כי הוצאת הגופות מקברן תפגע פגיעה קשה בכבודם של המתים וברגשות משפחותיהם, וכי ספק אם ביצוע פעולה זו זמן רב כל כך לאחר המוות יכול לספק מידע שיקדם את החקירה.