לעתירהארגון עדאלה הגיש ביום 6.9.2004 עתירה לבג"ץ, באמצעות עו"ד מרואן דלאל, בשם הארגון ובשם ההתאחדות הארצית של ועדי ההורים הערביים בישראל, נגד משרד החינוך, שירות הביטחון הכללי ומשרד ראש הממשלה. בעתירה נתבקש בג"ץ להוציא מלפניו צו על תנאי וצו ביניים המונע את התערבות השב"כ במינוי מורים, מנהלי בתי ספר, ומפקחים במערכת החינוך הערבית. כמו כן, נתבקש בג"ץ לקבוע דיון דחוף בעתירה. בעקבות הגשת העתירה, הורה בית המשפט למשיבים, ביום 6.9.2004, להשיב לבקשות לצו על תנאי ולצו ביניים תוך 30 יום.
השב"כ מתערב בהחלטות המתקבלות במערכת החינוך הערבית, לרבות אלו מהן הקשורות למינויים במערכת, באמצעות תפקיד סגן מנהל האגף לחינוך ערבי במשרד החינוך. כיום, מר אלכס רוזמן ממלא תפקיד זה. נציג זה של השב"כ במשרד החינוך משתתף בועדות המכרזים למינויים במערכת החינוך הערבית, לרבות מכרזים למינוי מנהלי בתי ספר. דעתו של נציג השב"כ היא המכריעה באשר לקבלת או אי קבלת מועמדות להוראה במערכת החינוך הערבית. יתר על כן, דעתו ונימוקיו של נציג השב"כ במערכת החינוך הערבית לעולם אינן נרשמות בפרוטוקול הדיון של ועדת המכרזים.
ארגון עדאלה השיג מידע מהימן אודות מעורבות השב"כ במערכת החינוך הערבית בכלל, ובתהליך המינויים במסגרתה בפרט. מידע זה כולל שלושה מכתבים של שלושה שרי חינוך לשעבר המאשרים את מעורבות השב"כ במערכת החינוך הערבית: שולמית אלוני, יוסי שריד, ואמנון רובינשטיין. בנוסף, השיג ארגון עדאלה תצהיר מעובדת בכירה לשעבר במשרד החינוך, ד"ר דפנה גולן, אשר אישרה כי סגן מנהל האגף לחינוך ערבי במשרד החינוך הינו נציג השב"כ, השולט למעשה באותו אגף, לרבות בהחלטות מנהל אותו אגף, תפקיד שממלא אותו היום מר עבדאללה ח'טיב.
העותרים טענו בעתירה, כי התערבות השב"כ במערכת החינוך הערבית באמצעות תהליך מינו מועמדים להוראה באותה מערכת אינה חוקית משום ששב"כ נטול סמכות כלשהי בחוק. בנוסף, טענו העותרים, כי מערובת זו של השב"כ מהווה אפליה פסולה כנגד מועמדים להוראה ערבים, שכן היא קיימת רק במערכת החינוך הערבית. "מדובר", טענו העותרים, "בהפרה ברורה וגלויה לחוק שוויון הזדמנויות בעבודה". כמו כן, הוסיפו העותרים, כי הואיל ומדובר באפליה על רקע שייכות קבוצתית, כלומר מפאת מוצאם הלאומי של המועמדים להוראה במערכת החינוך הערבית, יוצא שמדובר בהפליה הגורמת להשפלה ולכן בהכרח נוצרת פגיעה ממשית לזכות אותם מועמדים לכבוד.
בנוסף, העותרים טענו כי מעורבות השב"כ במערכת החינוך הערבית מהווה פגיעה בזכות היסוד לחינוך של התלמידים הערבים. לנוכח מעורבות השב"כ בתהליך מינוי מועמדים להוראה במערכת החינוך הערבית, נאלצים התלמידים הערבים ללמוד במקום בו שוררת תרבות של פחד, שליטה, ושתיקה. בהכרח, אפוא, נפגעת זכותם היסודית של תלמידים אלה לחינוך. כמו כן, העותרים טענו, כי הזכות לחופש עיסוק של המועמדים להוראה הערבים, המעוגנת בחוק יסוד: חופש העיסוק, מופרת גם כן בעקבות המעורבות הפסולה של השב"כ בתהליך מינויים. זאת ועוד, זכות הטיעון של אותם מועמדים נפגעת אף היא, לאור העובדה שאין ביכולתם לדעת את סיבת פסילתם ואתגורה מהבחינה המשפטית, שכן עמדת נציג השב"כ בוועדת המכרז לעולם אינה מתועדת. יוצא, שמועמדים להוראה במערכת החינוך הערבית אינם זוכים להליך הוגן בכל האמור לתהליך ברירת מועמדותיהם.
עוד נטען בעתירה, כי השליטה המבנית במערכת החינוך הערבית באמצעות מעורבות השב"כ בתהליך קבלת ההחלטות במסגרתה, והחשוב שבהם תהליך קבלת ההחלטות באשר למינויים לאותה מערכת, מקורה בימי השלטון הצבאי שהונחת על המיעוט הערבי בין השנים 1948 – 1966. בעתירה נחשפו כמה אלמנטים של השליטה האמורה באמצעות מכתבים של מורים כנגד מדיניות משרד החינוך שנכתבו במהלך שנות החמישים של המאה הקודמת.