לפסק הדין מיום 27.2.2006בג"ץ, בהרכב מורחב של שבעה שופטים, קבע ב-27 בפברואר 2006 כי החלטת הממשלה בעניין חלוקת המדינה לאזורי עדיפות לאומית היא החלטה בלתי חוקית, המפלה לרעה את האזרחים הערבים על רקע גזע ולאום, ויש לבטלה. ההחלטה התקבלה פה אחד, לאחר דיון ממושך בעתירה שהגיש ארגון עדאלה נגד מדיניות הממשלה, שלפיה מוענקות הטבות רבות ליישובים במדינה על בסיס הקביעה כי הם ממוקמים באזורי עדיפות לאומית. את העתירה הגיש עו"ד חסן ג'בארין מעדאלה, בשם הארגון ובשם ועדת המעקב העליונה לענייני הציבור הערבי בישראל וועדת המעקב לענייני החינוך הערבי בישראל.
בעתירה, שהוגשה במאי 1998, דרש עדאלה לבטל את ההחלטה שקיבלה הממשלה בפברואר באותה שנה (החלטה מס' 3292), בנימוק שהיא בלתי חוקית. החלטה מס' 3292 העניקה ליישובים יהודיים שונים הטבות כלכליות והטבות בתחום החינוך, על ידי סיווגם לאזורי עדיפות לאומית. באותה החלטה לא נכלל שום יישוב ערבי באזורי העדיפות הלאומית. עדאלה טען בעתירה, כי החלטת הממשלה אינה נשענת על קריטריונים ברורים וענייניים ושהיא נגועה באפליה, משום שלא כללה באזורי העדיפות הלאומית יישובים ערביים שמצבם הסוציו-אקונומי ירוד, השוכנים בסמיכות גיאוגרפית לישובים יהודיים שכן נכללו באזורים אלה. טענה נוספת שהועלתה בעתירה היתה שהממשלה איננה מוסמכת לקבל החלטה בעלת היקף, תחולה והשפעה רבים כל כך וכי עניין מסוג זה אמור להיות מוסדר על ידי הכנסת בחקיקה ראשית. בית המשפט הוציא צו על תנאי נגד מימוש ההחלטה, לבקשת העותרים.
בשנת 2002 קיבלה הממשלה החלטה חדשה בעניין אזורי העדיפות הלאומית, שבאה תחת ההחלטה משנת 1998. בהחלטה החדשה נקבע, כי סיווג היישובים לאזורי עדיפות לאומית נועד, בין היתר, להעניק הטבות ותמריצים כדי לסייע בקידום יישובים ובצמצום פערים ברמת הפיתוח וברמת החיים.
סיווג יישובים לאזורי עדיפות מעניק להם סיוע בכמה תחומים - תעשייה, חינוך, דיור, תיירות וחקלאות. אחד התחומים החשובים המושפעים מחלוקת המדינה לאזורי עדיפות לאומית הוא תחום החינוך. מבין 500 היישובים שקיבלו לפי החלטת הממשלה משנת 2002 מעמד של אזורי עדיפות לאומית לצורכי הטבות בחינוך, רק ארבעה היו ערביים. סיווג יישוב כאזור עדיפות לאומית לצורכי חינוך מקנה לו הטבות סוציאליות וכלכליות משמעותיות. למשל, מורים המלמדים ביישוב כזה זכאים ל-75% השתתפות בשכר הלימוד; המורים גם מקבלים השתתפות מלאה בהוצאות נסיעה ללימודים ו-80% השתתפות בשכר הדירה; המדינה משלמת את חלקו של המורה בקרן השתלמות למורים; ניתנת השתתפות מלאה בהוצאות נסיעה למורים בשנת שבתון; ילדים הלומדים בגני טרום-חובה מקבלים פטור משכר לימוד; הרשויות המקומיות מקבלות מענק איזון מוגדל; ניתנת הקצאה של תוספת שעות לימוד בהתאם לצרכים הפדגוגיים; ניתן מימון מלא להתקנת מערכות מחשוב בבתי הספר (בכפוף לאישור תוכניות); ניתנת תוספת תקציב, תוך התחשבות בצרכים המיוחדים, לבתי ספר שש שנתיים; ניתנת עדיפות במלגות לסטודנטים; כל מתנ"ס זכאי למענק של 100,000 שקל לעידוד אוכלוסיות חדשות.
בשנת 2003, לאחר מספר רב של דיונים בעתירה משנת 1998 ולאחר החלטת הממשלה החדשה משנת 2002, הגיש ארגון עדאלה, בהמלצת בית המשפט, עתירה מתוקנת. בעתירה החדשה דרש הארגון לבטל את החלטת הממשלה בכל הנוגע לקביעת אזורי העדיפות לצורך מתן הטבות בחינוך. כסעד משני דרש הארגון לסווג את כל היישובים הערביים כאזורי עדיפות לאומית א', הזוכים להטבות בתחום החינוך.
בתשובה לטענות עדאלה טענה המדינה, כי מעמד היישובים בתחום החינוך נקבע על יסוד המבחן הגיאוגרפי והמרחק מאזור המרכז, וכי אין כל יסוד לטענה לאפליה של היישובים הערביים. המדינה טענה עוד, כי לממשלה יש סמכות לקבל החלטות בנוגע לקביעת אזורי עדיפות וכי אין צורך בחקיקת חוק של הכנסת לשם כך.
כאמור, בית המשפט קיבל את עתירת עדאלה וקבע לא רק שהחלטת הממשלה נגועה באפליה, אלא גם שהיא התקבלה בחוסר סמכות. בנימוקיו להחלטה ציין נשיא בית המשפט העליון, אהרן ברק, כי המדינה לא הצליחה להצביע על נוסחה ברורה ולא נתנה הסבר מניח את הדעת באשר לקביעת אזורי העדיפות בתחום החינוך לפי המבחן הגיאוגרפי. היחס המספרי בין היישובים היהודיים שקיבלו מעמד של אזור עדיפות בתחום החינוך לבין היישובים הערביים שקיבלו מעמד זה, אינו תואם את חלקה של האוכלוסייה הערבית במדינה או את פריסתה הגיאוגרפית. לפיכך קבע הנשיא ברק כי יש קושי בלתי מבוטל להשתכנע בטענת המדינה, כי המרחק הגיאוגרפי הוא השיקול היחיד שהובא בחשבון בתיחום אזורי העדיפות. באמצו את מבחן התוצאה, הנקבע על פי האפקט שפעולה שלטונית יוצרת, ולא על פי הכוונה שביסוד הפעולה, קבע הנשיא ברק כי החלטת הממשלה והמבחן הגיאוגרפי שקבעה מביאים לתוצאה המפלה את האזרחים הערבים באופן שאי אפשר להשלים עמו. לדבריו:
לצורך ביסוס טענת האפליה עמד בית המשפט על מצבה החברתי-הכלכלי הירוד של האוכלוסייה הערבית, בהסתמך על נתונים שהובאו מטעם העותרים. בית המשפט ציין, למשל, כי בשנת 2002 נמצאו כמחצית מן היישובים הערביים בשני האשכולות הנמוכים ביותר מבחינה סוציו-אקונומית, לפי דו"חות הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה. כ-94% מהיישובים הערביים נמצאו בארבעת האשכולות הנמוכים ביותר (מתוך עשרה). בית המשפט גם עמד על ההבדלים הניכרים בין האוכלוסייה הערבית לאוכלוסייה היהודית בכל הנוגע לשיעור התלמידים הלומדים בכיתה י"ב; שיעור נשירת התלמידים בכיתות ט'-י"א ושיעור הזכאים לתעודת בגרות העומדים בדרישות הסף של האוניברסיטאות.
המשנה לנשיא בית המשפט העליון, השופט מישאל חשין, הצטרף לעמדת הנשיא ברק ועמד בהרחבה על העדר סמכותה של הממשלה לקבוע אזורי עדיפות לאומית, הואיל ומדובר בעניין המצריך חקיקה ראשית שתתקבל על ידי הכנסת. השופט חשין קבע, כי במקום שבו הסדיר המחוקק עניין כלשהו (במישרין או בדרך של הסדר שלילי), מנועה הממשלה מלהשתמש בסמכותה ולהסדיר אותו עניין. כמו כן, קבע חשין, הממשלה איננה מוסמכת כלל לפגוע בזכויות הפרט על דרך השימוש בסמכותה. העברת סכומי כסף גדולים מתקציב המדינה היא פעולה המחייבת חקיקה ראשית, ועל כן אין הממשלה מוסמכת לעשות זאת במקום המחוקק.
השופטת דורית ביניש ציינה בהחלטתה, כי לממשלה אין כל סמכות לפגוע בזכויות אדם וכי חלוקת המדינה לאזורי עדיפות לאומית נעשתה תוך התעלמות מהאוכלוסייה הערבית. לדבריה, הדבר הביא לפגיעה בלתי מידתית בעקרון השוויון. השופטת אילה פרוקצ'יה עמדה על חשיבות הזכות לשוויון בחינוך ועל הצורך לתת חיזוק יתר לנזקק ולתמוך פחות בחזק. לדברים אלה הצטרפו גם השופטים אדמונד לוי, אליעזר ריבלין וסלים ג'ובראן.
משמעות שלילת סמכותה של הממשלה בנושא זה, והעברת הנושא לסמכות הכנסת, היא הצבת מכשולים בפני הרשות המבצעת לחלק הטבות חברתיות כלכליות באופן מפלה. החלטת בית המשפט תחייב את הממשלה לנהוג בשקיפות מול הכנסת וחבריה האופוזיציוניים, התקשורת ופעילי החברה האזרחית. תהליך חדש זה, שלא היה קיים כאשר הממשלה קיבלה את ההחלטות הנדונות על דעת עצמה, יאפשר אתגור יעיל יותר של מדיניותה המפלה.
בית המשפט קיבל את טענות עדאלה, דחה את טענות המדינה וביטל את החלטת הממשלה ככל שהיא נוגעת לחלוקת אזורי עדיפות בתחום החינוך. הוא קבע, עם זאת, כי ההחלטה תהיה בטלה בחלוף 12 חודשים מיום מתן פסק הדין. חשוב להדגיש, כי בית המשפט ציין במפורש שקביעותיו הנורמטיביות בכל הנוגע לאפליה והעדר הסמכות של הממשלה תקפות לקביעת אזורי עדיפות לאומית בכל התחומים שנקבעו בהחלטת הממשלה, ולא רק בתחום החינוך.
עדאלה רואה בפסיקת בית המשפט החלטה חשובה, המכירה באפליה הקבוצתית של האזרחים הערבים כאפליה על רקע גזע ולאום. להחלטתו של בית המשפט השפעה לא רק על המקרה הקונקרטי שנדון בעתירה, אלא גם על כל החלטה עתידית של כל רשות שלטונית, ובמיוחד הממשלה, המבקשת ליטול לעצמה סמכות שלא ניתנה לה על פי חוק. נטילת סמכויות באופן זה עלולה להביא לפגיעה שרירותית בזכותם של האזרחים הערבים לשוויון בכל תחומי החיים, ובמיוחד בתחום הכלכלי-החברתי. בית המשפט קיבל את טענת העותרים כי הממשלה, כמו כל הרשויות השלטוניות, כפופה לעקרון השוויון ואיסור האפליה.