ביום שני, 9 ביולי 2007, דן בג"ץ (בהרכב: נשיאת בית המשפט העליון, השופטת דורית ביניש והשופטים אליעזר ריבלין ואשר גרוניס) בעתירות שהגישו עדאלה, באמצעות עורכי הדין חסן ג'בארין וסאוסן זהר, והאגודה לזכויות האזרח, באמצעות עו"ד עאוני בנא. שני הארגונים דרשו בעתירות כי ייקבעו קריטריונים ברורים ושוויוניים להענקת הטבות במס ליישובים בנגב. בג"ץ ביקש מהמדינה לקבל הודעת עדכון בתוך ארבעה חודשים מהיום, ביחס להתקדמות בהכנת הצעת החוק. עם קבלת הודעת העדכון יחליט בג"ץ בדבר המשך הטיפול בעתירות.
עו"ד זהר מעדאלה טענה בדיון שהמדינה הסבירה, כי הטבות המס הניתנות ליישובים לפי תיקון מס' 146, נועדו "להקל על תושבי יישובים אלה לאור המצב הביטחוני הקשה ששרר שם". לכן לא ברור מדוע תיקון זה לא כלל, לדוגמה, את חמשת היישובים הבדוויים (לקייה, שגב שלום, חורה, כסייפה ורהט) ברשימת היישובים הנהנים מהטבות מס הכנסה בנגב לפי תיקון 146. היא הדגישה כי התיקון כן כלל יישובים אחרים הנמצאים באותו אזור גיאוגרפי, שמצבם הסוציו-אקונומי עדיף על זה של היישובים הערביים הבדוויים. לפיכך, תיקון פקודת מס הכנסה (תיקון מס' 146) אינו חוקי, מכיוון שאינו נשען על קריטריונים ברורים ושוויוניים.
עוד טענה עו"ד זהר, כי אחת התכליות העיקריות והלגיטימיות העומדות מאחורי הענקת הטבות מס באופן כללי, היא תמרוץ יישובים חלשים ומוחלשים מבחינה כלכלית כדי לסייע להם להיחלץ מהמשקעים החברתיים-הכלכליים שבהם הם שרויים. חלק מרשימת היישובים שהוספו למעגל הזכאים לקבלת הטבות מס הכנסה לפי תיקון מס' 146 (ראו סעיף 28 לעתירה) מעיד על כך שהיישובים שנכללו במעגל הזכאים לקבלת ההטבות הם יישובים המצויים באשכולות נמוכים לפי המדד החברתי-הכלכלי של הלשכה המרכזית לסטטיסטיקה. לעומת זאת, חמשת היישובים הערביים הבדוויים שנמנו לעיל ממוקמים במרכז הנגב באותו אזור גיאוגרפי של היישובים שזכו בהטבות מס, והם בעלי אותו מעמד סוציו-אקונומי נחות כמו מרבית היישובים המצויים באזור זה (ואף יותר). למרות זאת, הם לא נכללו ברשימה. מכאן, טענה עו"ד זהר, עולה שאל לה למדינה להפלות את היישובים הערביים הסובלים ממעמד סוציו-אקונומי נחות, ועליה לתת משקל שווה גם לאינטרסים ותכליות ציבוריות לגיטימיים וכבדי משקל, דוגמת המעמד הסוציו-אקונומי של היישוב.
בכל העתירות שהוגשו בעניין ניתן צו על תנאי בהסכמת היועץ המשפטי לממשלה, נוכח העובדה שהתיקון הנ"ל הכליל ברשימת הזכאים להנחות במס שורה של יישובים שלא על פי אמות מידה ברורות ושוויוניות. בתשובה לכל העתירות שהוגשה לבג"ץ, אישר היועץ המשפטי לממשלה כי שורת היישובים שנכללו בהטבות מס אלה אכן לא נקבעה על פי אמות מידה ברורות, ומלבד יישובי "עוטף עזה" שהוספו לרשימה על פי החלטת ממשלה, הוספו יישובים שונים על פי הצעת חברי כנסת ללא קביעת אמות מידה מראש. בהחלטה של בג"ץ, שהתפרסמה אחרי הדיון, נכתב: "המצב שנוצר על פניו הוא בלתי ראוי, שכן לפחות ביחס לחלק מהחישובים העותרים לא מובן מדוע נגרע חלקם ביחס ליישובים אחרים הרחוקים באותה מידה מקו עימות או ממרכזי אוכלוסייה".
להלן מפה של היישובים בנגב, היישובים בדרום הנהנים מהטבות מס הכנסה לפי תיקון מס' 146 סומנו בכחול, ואילו היישובים שאינם נהנים מהטבות מס סומנו באדום.
מסמכים רלבנטיים
עיקרי טיעון שהוגשו לבג"ץ לפני הדיון
החלטת בג"ץ (9.7.2007)