ביום 1.2.2006 קיבל בג"ץ ברוב דעות (2 מול 1) את עתירת ח"כ ד"ר עזמי בשארה, שיוצג על ידי ארגון עדאלה, נגד היועץ המשפטי לממשלה בעניין תחולת החסינות העניינית על נאומיו הפוליטיים באום אלפחם ביוני 2000, ובקרדאחה שבסוריה ביוני 2001.
בנובמבר 2001 הסירה הכנסת את חסינותו של ח"כ בשארה ונענתה לבקשתו של היועץ המשפטי לממשלה באותה עת, אליקים רובינשטיין, על מנת להגיש כתב אישום נגדו לפי הפקודה למניעת טרור – 1948, בגין תמיכה בארגון טרור. זאת היתה הפעם הראשונה בתולדות הכנסת שחסינותו של ח"כ מוסרת בגין נאום פוליטי. בפני בית משפט השלום בנצרת, אשר דן בכתב האישום נגד ח"כ בשארה, נטענו טענות מקדמיות רבות, כולל טענת תחולתה של החסינות העניינית על נאומי ח"כ בשארה, תחולה השוללת אפשרות הגשת כתב אישום נגד חבר כנסת. בית משפט השלום בנצרת החליט כי הוא יכריע בשאלת תחולת החסינות בסוף ההליך הפלילי, עם מתן פסק הדין.
בעקבות זאת, הוגשה העתירה לבג"ץ ביום 24.12.2003. בין השאר נטען כי על בית המשפט היה להכריע בשאלת תחולת החסינות בשלב הטענות המקדמיות, ולא לחכות עד סוף ההליך הפלילי, שכן אז תתרוקן החסינות מכל תוכן. ביום 7.11.2004, במהלך דיון שנערך בפני בג"ץ, העיר בג"ץ ליועץ המשפטי לממשלה כי ניתן להחזיר את הנושא לבית משפט השלום על מנת להכריע בשאלת תחולת החסינות עד נאומי ח"כ בשארה, או שבג"ץ עצמו יפסוק בשאלה זו. היועץ המשפטי לממשלה הסכים לאפשרות השניה.
הנשיא ברק קבע בפסק הדין בדעת הרוב כי על אף שמדובר בנאום קשה, הוא נכנס לגדר חלותה של החסינות העניינית. הוא קבע כי ניתן לראות בדברים המיוחסים לח"כ בשארה כתמיכה בארגון טרור, אך אין בהם תמיכה במאבק מזוין של ארגון טרור. תמיכה אחרונה זו היא השוללת את תחולתה של החסינות העניינית של ח"כ. עוד הוסיף הנשיא ברק, כי הפקודה למניעת טרור קובעת עבירות רחבות ביותר, אשר ממילא מגבילות את חופש הביטוי, ועל כן בית המשפט צריך להיות זהיר בהגבילו חסינות עניינית של ח"כ.
השופט ריבלין הצטרף לדעתו של הנשיא ברק, וציין בחוות דעתו כי "ראוי, מכל מקום, להכיר בחשיבות המיוחדת של הביקורת השיפוטית באותם מקרים שבהם עומדות על הפרק זכויות היסוד של האדם... כך בכלל, ובפרט כך בעת שמדובר בחסינות הנוגעת לחופש הביטוי, ובענייננו – לא ביטוי סתם כי אם ביטוי פוליטי, ולא ביטוי פוליטי סתם כי אם ביטוי פוליטי של חבר הכנסת, ולא חבר הכנסת סתם כי אם נציגה של קבוצת מיעוט."
השופטת חיות כתבה בדעת המיעוט שלה כי ח"כ בשארה חצה בנאומיו את הקווים האדומים המקיפים את פעילותו של חבר הכנסת, ועל כן לא ניתן לראות בחסינות כחלה על אותם נאומים.