לעתירהעדאלה – המרכז המשפטי לזכויות המיעוט הערבי בישראל, במקום – מתכננים למען זכויות תכנון והפורום לדו קיום בנגב הגישו ב-31 במארס 2006 עתירה לבית המשפט העליון לביטול תוכנית "דרך היין". העתירה, המופנית נגד המועצה הארצית לתכנון ובנייה ומינהל מקרקעי ישראל, הוגשה באמצעות עורכי הדין סוהאד בשארה ועאדל בדיר מעדאלה, ובסיועם של מתכננת הערים והאזורים הנא חמדאן ומרכז סניף עדאלה בנגב מר סאלם אבו מדיגם. שלושת הארגונים מבקשים לבטל את תמ"מ 4/ 14/ 42: תוכנית מתאר מחוזית חלקית – מחוז דרום – שינוי מס' 42 – "דרך היין" במועצה האזורית רמת נגב. העתירה הוגשה לאחר שוועדת המשנה לנושאים תכנוניים עקרוניים (הוולנת"ע) דחתה את התנגדויותיהם של הארגונים לתוכנית.
באזור הנגב קיימות כיום כ-59 התיישבויות בודדים, ששטחן הכולל עולה על 81,000 דונם. בפועל, התיישבויות אלה מוקמות ללא אישורים כדין ובניגוד לדיני התכנון והבנייה. באמצעות התיישבויות אלה מקצות הרשויות, שלא כדין, שטחי קרקע ציבורית נרחבים ביותר למשפחות יהודיות בודדות, כדי למנוע את פיתוחה של האוכלוסייה הערבית בשטחים אלה ולהבטיח שימוש בלעדי של אזרחי המדינה היהודים בהם. כך עולה , בין היתר, מטיוטת דו"ח "התיישבויות יחידים – מחוז צפון ומחוז דרום" שהוכנה על ידי משרד ראש הממשלה בעבור ועדת שרים נגב-גליל. בטיוטת הדו"ח הוסבר, כי "הסיבות ליזום [התיישבויות הבודדים] הן שמירה על קרקעות מדינה... פתרונות לנושאים דמוגרפיים".
בעתירה הוסבר, כי "התיישבויות הבודדים הוקמו וחוברו כולן לתשתיות הנחוצות לחיי אדם, חי וצומח. בין היתר חוברו אלה למים, חשמל, טלפון ודרכי גישה. כספי ציבור רבים הושקעו בהקמת התיישבויות הבודדים, כל זאת בניגוד לחוק ולכללי מינהל תקין. כך גם עולה מהביקורת אשר מתח מבקר המדינה בדו"ח מס' 50ב משנת 2000". העותרים ממשיכים בהשוואה בין מדיניות הממשלה ביחס להתיישבויות הבודדים למדיניות הננקטת כלפי הכפרים הלא מוכרים בנגב. "בשכנות להתיישבויות בודדים אלה וליישובים היהודיים הנ"ל, מתגוררת אוכלוסייה של עשרות אלפי אזרחים ערבים בדואים בכפרים בלתי מוכרים אשר, כמדיניות, מסרבים משרדי הממשלה השונים להעניק להם מעמד מוניציפלי או כל שירותים חיוניים לצורכי מחיה בסיסיים. יצוין כי כפרים אלה, במרביתם, היו קיימים עוד לפני קום המדינה וחלקם האחר הוקמו כתוצאה מצווים של המשטר הצבאי, אשר העביר את תושביהם מכפריהם המקוריים, מלפני 1948, למקומות שבהם הם נמצאים כיום", הסבירו העותרים.
התיישבויות הבודדים מוקמות אף בניגוד לעמדתם המקצועית של מתכנני תמ"א 35 תוכנית מתאר ארצית לבניה, לפיתוח ולשימור אלה כתבו, בחוות דעת שהוגשה למועצה הארצית לתכנון ובנייה ב-20 ביולי 1999: "צוות תמ"א 35 רואה סכנה רבה במדיניות של התיישבות בודדים כאמצעי לפיזור אוכלוסייה ו'תפיסת קרקע' שאינם מבוקרים תכנונית. מדיניות ההתיישבות חייבת להיות מוכתבת על ידי עקרונות הפריסה המבוטאים בתמ"א 35... יש להדגיש שהימנעות מהקמתם של יישובים חדשים כמדיניות תכנון מעוגנת בעקרונות הבסיסיים של תמ"א 35; זאת, כדי לכוון את המאמץ אל פיתוחם וחיזוקם של היישובים הקיימים תוך מניעת פיזור מאמץ ומשאבים, הבטחת רמות שירותים בתחבורה ציבורית ושמירה על שלמותם ורציפותם של השטחים הפתוחים".
אמנם לתוכנית "דרך היין" ניתן צביון תיירותי וחקלאי, אך ייעודה העיקרי והרעיון העומד מאחוריה הם "שמירת קרקעות המדינה" מפני שימוש בידי "גורמים זרים", דהיינו אזרחי המדינה הערבים. תוכנית "דרך היין" רואה בעצם נוכחותם של אזרחי המדינה הערבים בנגב בעיה ואיום. לפי תכלית התוכנית, אזרחים אלה אינם רצויים ואינם ראויים להתפתח. תוכנית "דרך היין" נולדה מחמת נוכחותם של אזרחי המדינה הערבים בנגב ועל מנת לפתור את "בעיית" נוכחותם באזור זה, הוסבר בעתירה.
העותרים ממשיכים ומסבירים, כי תכלית זו של התוכנית יש בה משום דה-לגיטימציה ואף דה-הומניזציה של אזרחי המדינה הערבים בנגב. התוכנית קמה כדי "להתמודד" עם נוכחותם של אזרחי המדינה הערבים באזור הנגב. לו אלה לא היו נוכחים שם, אופי התכנון ותכליתו היו שונים במהותם. על כן, טענו העותרים, החלטת הוולנת"ע לדחות את התנגדויותיהם מנוגדת לעקרונות היסוד של השיטה המשפטית ופוגעת פגיעה חמורה ביותר בזכויות יסוד של אזרחי המדינה הערבים בנגב ומנוגדת לעקרונות הצדק החלוקתי ופיתוח בר קיימא.
לעתירה צורפו שתי חוות דעת. האחת של פרופ' יוברט לו-יון, לשעבר פרופ' חבר וראש מסלול תכנון ערים ואזורים בפקולטה לארכיטקטורה ובינוי ערים בטכניון. פרופ' לו-יון מציין כי קיימות אי-בהירויות וסתירות רבות בהצהרות הפרוגרמטיות של התוכנית. לא ברור מהו בדיוק ה"ציר" של דרך היין ולא ברורה הלוגיקה של הפיזור המוצע של החוות כאסטרטגיה שיווקית תיירותית. רוב החוות המוצעות ממוקמות בנקודות בעלות רגישות נופית וסביבתית גבוהה מאוד. חוות הדעת השנייה היא של פרופ' אורן יפתחאל, לשעבר ראש המחלקה לגיאוגרפיה ותכנון סביבתי באוניברסיטת בן-גוריון. פרופ' יפתחאל מסביר, כי תוכנית "דרך היין" תוביל להחרפת הקיפוח של הערבים-הבדואים באזור הנגב ולהעמקת ניכורם מהחברה הישראלית.