بعد أسبوعين من نشر تقرير لجنة التحقيق الرسمية في يوم 1.9.2003، قررت حكومة إسرائيل (قرار رقم 772)، إقامة لجنة وزارية لدراسة التقرير ولتقديم ورقة للحكومة خلال 60 يوما، تبحث فيها توصيات لجنة التحقيق الرسمية وتطبيقها، وكتابة توصيات أخرى إن كانت هنالك حاجة لذلك.
وترأس اللجنة الوزارية نائب رئيس الحكومة الإسرائيلية ووزير القضاء يوسف (تومي) لبيد، أما أعضاء اللجنة فهم الوزراء: أبراهام بوراز، تسيبي لبني، أفرايم إيتام، بني ألون وجدعون عزرا. كما ودعي الى اللجنة الوزارية بشكل دائم المستشار القضائي للحكومة وممثل عن "مجلس الأمن القومي".
ولم تنشر اللجنة المذكورة تقريرها بعد شهرين كما ورد في القرار الحكومي، وإنما في 3.6.2004. وبعد إصدار التقرير الاَنف ذكره نشر مركز عدالة موقفه من هذا التقرير.
ويتابع مركز عدالة منذ إصدار لجنة التحقيق الرسمية لتقريرها، تطبيق توصياتها، وعلى وجه الخصوص، تلك التي تتعلق باجراء تحقيق جنائي مع المسؤولين عن قتل المواطنين العرب في أكتوبر 2000، وتقديمهم للمحاكمة. ويذكر انه ابتداءا من أكتوبر 2000، توجه مركز عدالة لقسم التحقيق مع الشرطة مرات عدة مطالباً إياه المباشرة بالتحقيق مع المسؤولين عن القتل، إلا أن قسم التحقيق مع الشرطة ("ماحاش") لم يجر أي تحقيق جدي. وجاء في تقرير اللجنة الوزارية، بصدد التحقيق في ظروف قتل المواطنين العرب في أكتوبر 2000، بناءً على تقرير قدم لها من قبل ماحاش، أن الأخير لم يقم بالتحقيق حينها، لوجود لجنة التحقيق الرسمية، وأنه يواجه الصعوبات اليوم بسبب مرور فترة زمنية طويلة منذ حوادث القتل في أكتوبر 2000. ويذكر أن مركز عدالة توجه لماحاش بعد إصدار تقرير لجنة التحقيق الرسمية، مطالباً إياه بإجراء التحقيق مع من يشتبه بهم من قبل أفراد الشرطة بقتل المواطنين العرب. إلا أن ماحاش رد مدعياً أنه ما زال يفحص الأمر.
في اَذار 2004، توجه مركز عدالة برسالة مفصلة للمستشار القضائي للحكومة، مطالباً إياه بإصدار أمر فوري لاجراء التحقيقات ضد المسؤولين عن مقتل المواطنين العرب في أكتوبر 2000. وأشار مركز عدالة في توجهه إلى تقصير ماحاش الجدي كونه لم يقم بأي تحقيق جدي بعد أكتوبر 2000 وبعد إصدار لجنة التحقيق الرسمية لتقريرها الذي أوصت من خلاله التحقيق في حالات القتل.
وفي رسالة لماحاش من يوم 6.6.2004، والتي أعقبت توجه رئيس قسم التحقيق مع الشرطة إلى السيد حسن عاصلة لإخراج جثمان إبنه من القبر لغرض تشريحه، أكد مركز عدالة على تقصير ماحاش الجدي إذ أنه لم يقم بأي تحقيق رغم مرور ثلاث سنوات ونصف على القتل ومرور تسعة أشهر على إصدار تقرير لجنة التحقيق الرسمية وبالرغم من توجهات مركز عدالة العديدة في هذا الصدد. وادعى مركز عدالة في توجهه لماحاش، أن الطلب الموجه إلى ذوي الشهداء يعاني من عدم النزاهة، إذ أن مسألة تشريح جثامين شهداء أكتوبر 2000 كانت قد طرحت خلال جلسات لجنة التحقيق الرسمية. ورد حينها مركز عدالة بإسم عائلات ذوي الشهداء وشرح موقف العائلات في هذا السياق. وأضاف مركز عدالة في رسالته أن عدم نزاهة توجه ماحاش المذكور يتجلى أيضاً من خلال عدم التحقيق في ظروف قتل أربعة من الشهداء بالرغم من حيازته منذ أكتوبر 2000 على أربعة تقارير تشريح لجثامينهم.